De variabele waterjuffer kan sterk op de azuurwaterjuffer lijken. Er is zelfs een kleurvariëteit van de eerste vernoemd naar de tweede: variatie puellaeformis. De variabele waterjuffer is vooral algemeen in klei- en laagveengebieden en schaars op de zandgronden, waar juist de azuurwaterjuffer veel voorkomt. Het is een algemene soort, waarvan het voorkomen in laagveengebieden wijst op een redelijke waterkwaliteit.