De grote roodoogjuffer is door zijn rode ogen en voornamelijk zwart achterlijf gemakkelijk te verwarren met de tegenwoordig ook algemene kleine roodoogjuffer (Erythromma viridulum). E. najas is in heel Nederland algemeen op plaatsen waar waterplanten met grote drijvende bladeren groeien, zoals witte waterlelie (Nymphaea alba) en gele plomp (Nuphar lutea). Meestal zijn dit (matig) voedselrijke wateren. De mannetjes rusten op de bladeren, vanwaar ze lage vluchten over het water maken.